A lo largo de Educación Secundaria, los alumnos de Agora Sant Cugat International School perfeccionan sus habilidades como pensadores creativos, críticos y reflexivos. La enseñanza se especializa en asignaturas separadas a la vez que se fomenta la conexión entre diferentes áreas curriculares. Las clases se centran en temas y preocupaciones globales, de la vida real y fomentan el desarrollo de habilidades para la comunicación, la comprensión y el sentido de responsabilidad social. Agora Sant Cugat International School es un colegio que imparte el Programa de los Años Intermedios (PAI) del Bachillerato Internacional (IB) que desea obtener la autorización como Colegio del Mundo IB e impartir sus programas en todas las etapas formativas.
El currículum en la etapa de secundaria pretende formar personas competentes con las herramientas necesarias para entender el mundo y ser capaces de intervenir de forma activa y crítica en nuestra sociedad. Para conseguirlo, se fomenta el diálogo y la comunicación a través de una metodología que trabaja los hábitos y las técnicas de estudio favoreciendo la constancia, la tenacidad y la disciplina. Esta metodología participativa permite al alumno desarrollar un pensamiento crítico y constructivo, ayudándole a tener autocontrol y autodisciplina y a conseguir una vivencia de éxito por su trabajo.
El trilingüismo es uno de los aspectos básicos del proyecto en esta etapa. Cada materia tiene asignada una lengua vehicular (inglés, castellano o catalán) y los alumnos estudian una segunda lengua extranjera (alemán o francés). Además de los idiomas, la preparación global de los alumnos de Agora Sant Cugat International School implica la participación en programas y experiencias que potencian el intercambio cultural y en las asignaturas se trabaja de forma transversal, poniendo en práctica las lenguas inglesa, francesa y alemana.
La acción tutorial continua e individualizada forma parte del día a día de los alumnos de Educación Secundaria. Antes de acabar 3º de ESO, los tutores orientan a los alumnos y sus familias en la elección de los itinerarios que, en el siguiente curso, les abrirán las puertas a las diferentes modalidades de Bachillerato: un itinerario está dirigido hacia los Bachilleratos de Ciencias y Ciencias de la Salud o el Bachillerato de Ingeniería y Arquitectura; un segundo itinerario les prepara para los Bachilleratos de Artes y Humanidades o Ciencias Sociales; finalmente, los dos últimos itinerarios permiten un primer contacto con la metodología y los contenidos del Bachillerato Internacional Científico o Social que ofrece el colegio internacional. Esta orientación es personalizada, basada en las aptitudes y los intereses de cada alumno.